Expediente X 2 se centra en la dicotomía entre ciencia y fe y, especialmente en la lucha interna de Fox Mulder con sus creencias en lo sobrenatural. Cronológicamente se situará 6 años después de los eventos ocurridos en la serie. Se conoce también, que a diferencia de la primera entrega, la historia no estará enfocada en la temática tradicional de la serie (mitología), ya que se tratarán más temas de terror, thriller y suspense, así volviendo a la temática central de las primeras temporadas.