La ciudad de Nueva York de los años 80 llena de vandalismo, está condenada al caos; de forma accidental, residuos radioactivos son vertidos a las cloacas, y unas tortugas abandonadas son afectadas por esos líquidos.

Debido a tal acción, las tortugas abandonadas mutan tomando forma humana, y al tiempo, obteniendo cualidades de las personas (hablar, caminar de forma normal, etc).

Adiestradas por el maestro Splinter, las cuatro tortugas Donatello, Michelangelo, Leonardo y Raphael, se convierten en cuatro ninjas, que intentarán devolver la paz a la ciudad, siempre con su particular y desenfadado estilo.